Fond du Lac có hai trường trung học: Trường trung học Fond du Lac, một trường phổ thông công lập thay thế Trường trung học Goodrich năm 2001; Trường trung học St. Mary Springs, một trường tư Công giáo; Học viện Winnebago Lutheran, một trường Lutheran (Wisconsin Evangelical Lutheran Synod) l; và Trường Thiên chúa giáo Fond du Lac, một trường phổ thông Thiên chúa giáo.

Fond du Lac là nơi có 3 trường cao đẳng: Cao đẳng Marian, một trường cao đẳng Công giáo 4 năm; Đại học Wisconsin-Fond du Lac, một trường cao đẳng 2 năm ở Hệ thống Đại học Wisconsin; và Cao đẳng Kỹ thuật Moraine Park, một trường cao đẳng kỹ thuật ở Hệ thống Cao đẳng Kỹ thuật Wisconsin.